1955年，安徽省合肥卫生学校开始筹建。
1969年1月，安徽省合肥卫生学校下放到巢湖，易名为“安徽省巢湖卫生学校”。
1974年9月5日，成立安徽省卫生干部进修学校。
1978年7月25日，恢复合肥卫生学校。
1990年6月2日，安徽省教育委员会同意我校与省卫生厅合作暂设成人教育大专层次的临床医学、检验两个专业，试行建立省直职工大学医学部。
1992年4月25日，安徽省卫生厅同意成立“安徽省卫生职工培训中心”，挂靠在省卫生干校。
1993年8月31日，安徽省人民政府同意建立“安徽职工医学院”。
1995年10月24日，卫生部科技教育司同意建立“安徽职工医学院”。
1999~2002年与安徽医科大学、蚌埠医学院等普通高校合作举办普通医学高等专科学历教育。
2001年6月26日，安徽省人民政府同意在安徽省合肥卫生学校、安徽省卫生干部进修学校基础上设置安徽卫生职业技术学院。
2002年3月21日，国家教育部同意建立安徽医学高等专科学校。
2003年11月10日，安徽省卫生厅成立安徽省全科医学培训中心，挂靠在安徽医学高等专科学校。
截至2014年，该校获准立项省厅级以上科研课题130项，发表论文789篇，其中SCI论文13篇。获批1项国家教学成果奖，18项获省级教学成果奖立项。
学术刊物
《安徽医学高等专科学校学报》是安徽医学高等专科学校主办的综合性学术期刊，是全国优秀学报。主要刊发高职教育教学改革研究及其他社会科学研究和自然科学研究的学术论文。
馆藏资源
截至2014年，该校图书馆馆藏纸质图书60余万册，各类型 电子资源存储量共计为10个T。其中中外文电子图书106.5万册；中文电子期刊有中国知网期刊全文数据库及博硕学位论文全文数据库、外文期刊施普林格全文数据库；医学视频3000余专辑；涵盖英语、计算机、公务员、司法、会计、考研等试题的模拟考试系统；用于内部教学使用的高等教育素材库，资源总量超过10万种；共享有超星电子图书和万方数字化期刊全文数据库。
截至2014年，该校设有临床医学系 、医学技术系 、基础部、口腔医学系 、公共卫生与卫生管理系、药学系及护理系。开办14个专科专业。
| 生化与药品 | 生物制药技术、药品经营与管理 |
| 制造 | 医疗电子工程 |
| 财经 | 医疗保险实务 |
| 医药卫生 | 临床医学、口腔医学、护理、助产、药学、医学检验技术、眼视光技术、康复治疗技术、卫生信息管理、公共卫生管理 |
截至2014年，该校有412名在岗教职工，专任教师中具有硕士及以上学位的占50.3%，教授18人，副高级专业技术资格71人，省级专业带头人14人。另有一支由医疗卫生机构和医药企业等专家技术能手组成稳定的兼职教师队伍。
截至2014年，该校有省级特色专业5个、省级高职高专示范专业1个、国家级精品课程1门、省级精品课程。
省级特色专业：临床医学、药学、生物制药技术、医学检验技术、医疗电子工程；
省级高职高专示范专业：护理；
国家级精品课程：内科护理技术；
省级精品课程：护理学基本技术、药用有机技术、预防医学、病理学。
党委书记：牛丽娟
校长、党委副书记：陈命家
党委副书记、纪委书记：刘东义
党委委员、副校长：王劲松、王润霞、曹元应
工会主席：刘朝霞
释义：
1、整个徽标以“十字”为创意背景，突出了卫生行业的特征。
2、整个徽标以大写字母“W”（“皖”的中文首写字母）为基本创意造型元素进行创意，突出了地域特征；同时整个徽标的中心是一本打开的书，进一步体现出教育行业的特征。
3、徽标表现出充满活力，蒸蒸日上的精神风貌。
厚德精医，
厚德精医：“厚德”语出《易经·坤卦》“君子以厚德载物”。作为学医者要心胸宽广，关爱病人，在遵守医生职业道德和职业操守的基础上，树立全心全意为病人服务的高尚医德。“精医”意出《大医精诚》，医道是“至精至微之事”。学医者须钻研医学知识，探索病理药理，始终“博极医源，精勤不倦”，才能掌握精湛的医术，更好地救死扶伤。“厚德精医”寓意我校育人坚持德术并重，师生努力践行“健康所系，性命相托”的职业誓言。
博学笃行：语出《礼记·中庸》“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。”“博学”指广泛、深入的学习，我校师生既要学知识和技能，更要学做事和做人。“笃行”要求师生坚持理论联系实际，积极投身社会实践，学真知、行真事、做真人。“博学笃行”，寓意我校注重“理论教学与实践训练”相结合，坚持“学用结合，学以致用”培养人才。